Vous venez de déposer votre Cerfa 2069-A (CIR/CII/CICo) ? Le plus important reste à faire : contrôles, justificatifs, remboursement, stratégie de sécurisation… Voici ce qu’il faut anticiper dès aujourd’hui.
Déclaration CIR 2026 : pourquoi le dépôt du Cerfa 2069-A n'est qu'une première étape
Cerfa 2069-A-SD déposé ? Ne partez pas (encore) en vacances !
Vous avez enfin déposé votre liasse fiscale et transmis le formulaire 2069-A-SD pour déclarer votre Crédit d’Impôt Recherche (CIR), votre Crédit d’Impôt Innovation (CII) ou votre Crédit d’Impôt Recherche collaborative (CICo) ?
Déposer sa déclaration CIR est une étape importante. Mais la véritable exigence commence une fois le formulaire transmis. Sans une préparation rigoureuse des justificatifs nécessaires, les mois, voire les trois prochaines années, peuvent être source d’incertitude. C’est pourquoi anticiper la suite dès maintenant est essentiel pour sécuriser votre démarche.
Cerfa 2069-A-SD déposé ? Ne partez pas (encore) en vacances !
Pas vraiment. Le dépôt du Cerfa 2069-A-SD ne constitue qu’une petite partie d’une démarche bien plus vaste. Cette déclaration spéciale est requise pour les entreprises déclarantes des crédits d’impôt pour dépenses de recherche et/ou d’innovation et elle doit être transmise au moment du relevé de solde de l’impôt.
Remboursement du CIR : quels délais après la déclaration ?
Dans le cas général, le CIR est d’abord imputable sur l’impôt dû. S’il n’est pas utilisé en totalité, le solde devient une créance sur l’État, qui peut être :
- Imputée sur les trois exercices fiscaux suivants ;
- Puis remboursée au terme de ces trois ans.
La possibilité de demander un remboursement immédiat du Crédit d’Impôt Recherche (CIR) est ouverte à certaines entreprises, sous réserve de répondre à des critères spécifiques :
- Etre une PME au sens de la réglementation européenne (moins de 250 salariés, chiffre d’affaires inférieur à 50 M€ ou total de bilan inférieur à 43 M€) ;
- Etre une entreprise en phase de création dans les cinq premières années suivant son immatriculation ;
- Disposer du statut de Jeune Entreprise Innovante (JEI) ;
- Faire face à des difficultés économiques (procédures de sauvegarde, redressement judiciaire, etc.).
Les délais de traitement des demandes peuvent varier significativement selon le montant concerné et la zone géographique de l’entreprise. En pratique, un délai moyen de six mois est souvent constaté.
Point de vigilance
Après le dépôt de la demande, l’administration fiscale est en droit de solliciter des pièces complémentaires dans le cadre d’une demande d’information. Ce type de sollicitation est quasi systématique lorsqu’un remboursement est demandé et il ne prémunit pas contre un éventuel contrôle fiscal ultérieur, qui pourrait remettre en cause tout ou partie du crédit remboursé.
Contrôle fiscal CIR : combien de temps l'administration peut-elle revenir sur votre déclaration ?
Le dépôt de votre déclaration spéciale 2069-A déclenche également le délai de prescription fiscale : l’administration a jusqu’au 31 décembre de la troisième année suivant le dépôt pour effectuer un contrôle.
Les contrôles liés au Crédit d’Impôt Recherche sont de plus en plus fréquents. Ils peuvent inclure une expertise technique approfondie, notamment une évaluation du caractère scientifique des travaux menée par un expert désigné par le MESR.
Pour éviter toute mauvaise surprise, mieux vaut anticiper ces vérifications en structurant dès aujourd’hui votre dossier technique et justificatif. Chaque année, de nombreuses entreprises reçoivent des retours de l’administration fiscale à la suite de l’envoi de leurs déclarations spéciales. Or, ces sollicitations tombent fréquemment durant la période estivale, un moment où les équipes sont souvent en effectif réduit ou en congés.
Même si une demande de délai de réponse est parfois envisageable, elle n’est ni automatique ni toujours acceptée. Il est donc essentiel de rester vigilant pendant cette période : assurez-vous que quelqu’un relève régulièrement le courrier ou consulte la boîte mail professionnelle.
À retenir
Point de vigilance 2026 : avez-vous correctement appliqué les nouvelles règles du CIR ?
Cette année, la sécurisation du montant déclaré revêt une importance particulière.
Parmi les principales évolutions (issues de la Loi de finances 2025) :
- Fin du dispositif « Jeune Docteur » ;
- Réduction du taux des frais de fonctionnement de 43 % à 40 % ;
- Exclusion de certaines dépenses liées à la propriété intellectuelle.
Ces nouvelles dispositions s’appliquent aux dépenses engagées à compter du 15 février 2025. Les entreprises doivent donc distinguer les dépenses relevant de l’ancien régime de celles soumises aux nouvelles règles.
Cette période transitoire nécessite une vigilance particulière : en cas de contrôle ou de demande d’informations de l’administration, vous devrez être en mesure de justifier précisément les modalités de calcul retenues.
Vous souhaitez vérifier la conformité de votre déclaration aux nouvelles règles 2025 ?
Quels justificatifs conserver après votre déclaration CIR 2026 ?
Votre entreprise doit être prête à justifier chaque euro déclaré au titre du CIR.
Et ce, sur deux volets essentiels :
- L’éligibilité des travaux de R&D ou d’innovation.
- Le calcul du montant des crédits d’impôt.
Ce dossier ne se prépare pas en urgence. Il se construit en amont.
Le dossier administratif et financier
Ce dossier sert à démontrer la réalité et la traçabilité des dépenses éligibles. Il inclut notamment :
- Les CV et diplômes des personnels impliqués ;
- Les feuilles de temps ;
- Les éléments de paie ;
- Les tableaux d’amortissements ;
- Les factures de sous-traitance ;
- Les contrats et cahiers des charges ;
- Les factures de veille technologique.
Si ce n’est pas déjà fait, n’hésitez pas à solliciter votre service RH afin de récupérer les diplômes manquants. C’est également le moment opportun pour vérifier la présence des agréments CIR de vos sous-traitants.
Le dossier technique ou scientifique
Il s’agit ici de démontrer que les travaux déclarés relèvent bien d’une démarche de recherche ou d’innovation au sens du CIR, du CII ou du CICo.
Le dossier doit notamment décrire :
- Le contexte de l’opération ;
- Le verrou scientifique ou technique ;
- Les objectifs visés ;
- La démarche suivie ;
- Les résultats obtenus ;
- Les indicateurs de recherche ou d’innovation.
Sans oublier :
- Les ressources humaines mobilisées ;
- Les ressources matérielles utilisées ;
- Les partenariats et sous-traitances.
Pourquoi anticiper dès maintenant un éventuel contrôle CIR ?
L’administration fiscale peut contrôler votre Crédit d’Impôt jusqu’à trois ans après la déclaration. C’est donc le moment idéal pour évaluer votre système de capitalisation des connaissances.
Que se passe-t-il si un chef de projet quitte l’entreprise entre-temps ? Qui sera en mesure d’expliquer les travaux réalisés plusieurs années auparavant ?
Anticiper ces questions, c’est se donner les moyens de sécuriser ses déclarations. Structurez vos processus, documentez vos projets et gardez toujours une longueur d’avance.
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Forts de notre connaissance approfondie des attentes de l’administration fiscale, nous aidons les entreprises à constituer des dossiers fiables, complets et conformes, prêts à être présentés en cas de contrôle.
Nous travaillons également en partenariat avec le cabinet d’avocats HOCHE, expert reconnu en fiscalité de la recherche et de l’innovation.
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- La sécurisation des déclarations CIR, CII et CICo ;
- La constitution des dossiers justificatifs ;
- La préparation aux contrôles fiscaux ;
- La revue des dépenses éligibles ;
- La stratégie globale de fiscalité de l’innovation.
FAQ – Déclaration CIR 2026
Que se passe-t-il après le dépôt du Cerfa 2069-A ?
Le dépôt du Cerfa 2069-A ne marque pas la fin de la démarche. L’entreprise doit conserver l’ensemble des justificatifs administratifs, financiers et techniques permettant de sécuriser son CIR.
Pendant combien de temps le CIR peut-il être contrôlé ?
L’administration fiscale peut revenir sur votre déclaration jusqu’au 31 décembre de la troisième année suivant le dépôt.
Quels documents faut-il conserver ?
Les feuilles de temps, diplômes, éléments de paie, contrats de sous-traitance, justificatifs techniques et l’ensemble des documents démontrant l’éligibilité des travaux.
Le remboursement du CIR est-il automatique ?
Non. Certaines entreprises peuvent demander un remboursement immédiat sous conditions. Dans les autres cas, la créance est imputable sur les trois exercices suivants.
Pourquoi préparer son dossier technique dès maintenant ?
Parce qu’un contrôle peut intervenir plusieurs années après la déclaration et que certaines connaissances peuvent être perdues en cas de départ des équipes.
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